Des cas d'allongement de l'intervalle QT ont été rapportés, bien qu'aucun lien de causalité avec la paroxétine n'ait été démontré.
La paroxétine doit être utilisée avec précaution chez les patients présentant des antécédents d'allongement de l'intervalle QT, chez les patients prenant des antiarythmiques ou d'autres médicaments pouvant allonger l'intervalle QT ou chez les patients ayant des cardiopathies préexistantes pertinentes.
La prise concominante de paroxétine et de substrats du CYP2D6 allongeant l'intervalle QTc est contre-indiquée.