Gemäss der revidierten Fachinformation darf Atomoxetin bei Patienten mit Phäochromozytom oder bei Patienten mit Phäochromozytom in der Vorgeschichte nicht angewendet werden. Ausserdem sollte Atomoxetin bei Patienten mit schweren Herz-Kreislauf-Erkrankungen nicht angewendet werden, bei denen eine Verschlechterung ihres Zustands zu erwarten ist, wenn es zu klinisch relevanten Erhöhungen des Blutdrucks oder der Herzfrequenz kommt (z.B. Erhöhung des Blutdrucks um 15 bis 20 mm Hg bzw. der Herzfrequenz um 20 Schläge pro Minute).

Bei Kindern und Jugendlichen kommen eine Erhöhung der Herzfrequenz (38,8%) und ein Blutdruckanstieg (33,14%) sehr häufig als unerwünschte Wirkungen vor. Bei Erwachsenen sind diese ebenfalls sehr häufig (Erhöhung der Herzfrequenz: 25,67%, Blutdruckanstieg: 15,81%).
In einer umfassenden QT/QTc Studie, durchgeführt mit gesunden Erwachsenen, die eine schwach ausgeprägte CYP2D6 Verstoffwechselung (CYP2D6 poor metabolizer) aufwiesen, erhielten diese bis zu 60 mg Atomoxetin zweimal täglich. Die Wirkungen von Atomoxetin auf das QTc-Intervall unterschieden sich bei der erwarteten maximalen Konzentration nicht signifikant von Placebo. Mit steigender Atomoxetin-Konzentration zeigte sich ein leichter Anstieg des QTc-Intervalls.

Die meisten Patienten, die Atomoxetin einnehmen, zeigen eine mässige Erhöhung der Herzfrequenz (im Mittel bis zu 10 Schläge/min absolut) und/oder einen Blutdruckanstieg (im Mittel bis zu 5 mm Hg absolut). Die Ergebnisse klinischer Studien bei ADHS zeigen, dass bei manchen Patienten (etwa 5 bis 10%) stärkere Veränderungen der Herzfrequenz (20 Schläge/min oder mehr) oder des Blutdrucks (15 bis 20 mm Hg oder mehr) auftreten können.

Es wird empfohlen, Herzfrequenz und Blutdruck vor Einleitung der Behandlung und während der Behandlung in regelmässigen Abständen zu kontrollieren, um mögliche klinisch relevante Veränderungen zu erkennen.
Wegen der möglichen Wirkungen auf den Blutdruck sollte Atomoxetin in Kombination mit Antihypertensiva und blutdrucksteigernden Arzneimitteln oder anderen Arzneimitteln, die den Blutdruck sekundär erhöhen, vorsichtig eingesetzt werden.