Il reste recommandé d'administer le vaccin par injection intramusculaire dans la partie supérieure du bras. Cependant, le vaccin peut être administré dans des cas exceptionnels par voie sous-cutanée à des individus présentant des troubles hémorragiques ou à des individus sous traitement anticoagulant prophylactique.
Des données limitées provenant d'adultes en bonne santé indiquent une réponse immunitaire similaire dans les vaccinations de rappel administrées par voie sous-cutanée et par voie intramusculaire. Toutefois, l'administration sous-cutanée peut augmenter le risque d'effets secondaires au site d'injection.

Sources:
Information professionnelle FSME-Immun® CC 
Information professionnelle FSME-Immun® 0.25 ml Junior