Angioödem, Tremor, Tinnitus und plötzliches Erröten sind als unerwünschte Wirkungen gemeldet worden. Betreffend der Interaktionen mit hormonalen Kontrazeptiva muss auch mit Interaktionen mit Etonogestrel (Implantat) gerechnet werden. Studien sind keine vorhanden, es wurde jedoch seit der Markteinführung über Versagen des Konzeptionsschutzes berichtet. Studien mit Depomedroxyprogesteronacetat (Injektion) zeigen keine signifikante Interaktion. Bei beiden Anwendungen muss, wie bei den oralen Kontrazeptiva auch, eine zusätzliche mechanische Verhütungsmethode eingesetzt werden.

Die gleichzeitige Anwendung mit Posaconazol sollte vermieden werden, es sei denn der Nutzen übersteigt das Risiko.

Da Tacrolimus die Nierenfunktion beeinträchtigen kann, sollte diese engmaschig überwacht werden, wenn Tacrolimus gleichzeitig mit Atripla angewendet wird.