Angiœdème, tremblements, acouphènes et bouffées vasomotrices ont été signalés comme effets indésirables. Au sujet des interactions avec les contraceptifs hormonaux, une interaction est également à craindre avec l’étonogestrel (implant). Il n’existe pas d’études, mais des échecs de la contraception ont été rapportés après commercialisation. Des études avec l’acétate de dépomédroxyprogestérone (injectable) n’ont mis aucune interaction significative en évidence. En cas d’utilisation de ces contraceptifs, de même qu’avec les contraceptifs oraux, il faudra recourir en plus à une méthode de contraception mécanique.

Une association avec le  posaconazole doit être évitée, à moins que les bénéfices ne l’emportent sur les risques.

Le tacrolimus pouvant affecter la fonction rénale, une surveillance étroite est recommandée en cas de co-administration avec Atripla.